El Centro Ballena Azul tiene como misión y objetivo proponer y contribuir desde el expertise científico en buscar herramientas transversales para implementar acciones y estrategias de conservación marina en Patagonia, que incluye identificar vacíos de información, aportar en proponer áreas protegidas marinas y sus planes de manejo en áreas sensibles o identificadas como de gran valor para su conservación, contribuir en las campañas comunicacionales y colaborar significativamente en iniciativas de educación y ecoturismo desarrollado por actores locales. Lo anterior bajo el marco de la ciencia aplicada en especies focales, principalmente en mamíferos y aves marinas dado su característica de especies indicadoras y emblemáticas.